A CTCEA foi criada no dia 12 de setembro de 2003, por iniciativa de cidadãos qualificados com conhecimento e experiência no desenvolvimento de projetos de interesse da sociedade civil organizada, buscando garantir a manutenção das competências obtidas em atividades de gerenciamento de projetos multidisciplinares e de tecnologia de ponta, e atuar em parceria com instituições públicas e privadas na consolidação da engenharia brasileira nas áreas de desenvolvimento de projetos, arquitetura civil, elétrica, eletrônica, informática, mecânica, telecomunicações, sistemas e em outras especialidades que venha desenvolver.

Com base nesse entendimento, no dia 08 de dezembro de 2003, foi reconhecida e qualificada pelo Ministério da Justiça como uma associação civil, sem fins lucrativos, de direito privado e de interesse público, com a finalidade de realizar estudos, pesquisas, desenvolvimento de tecnologias alternativas, projetos e programas científicos e tecnológicos, no campo do controle do espaço aéreo e do monitoramento do meio ambiente.

A partir da sua qualificação, o DECEA através da CISCEA, pode dispor de parceiro com legitimidade de propósitos e larga experiência profissional que pudesse desenvolver as atividades previstas em seus Programas de Trabalho Anuais. No dia 01 de junho de 2004, assinou seu primeiro Termo de Parceria e iniciou a contratação gradativa dos funcionários que participaram do desenvolvimento da implantação do Projeto SISCEA e do Projeto SIVAM, e estabeleceu a forma de estrutura para atender ao Termo de Parceria com a CISCEA e, permitisse a absorção de novos parceiros, sem prejuízo da rotina e do cronograma dos trabalhos realizados para a Comissão.